Gli anni successivi, durante i quali l'area protetta fu gestita direttamente del Ministero dell'agricoltura e foreste, furono i più bui: il licenziamento delle guardie locali, lo svolgersi di manovre militari all'interno del parco e il verificarsi della seconda guerra mondiale fecero precipitare la popolazione di stambecchi ai soli 416 capi del 1945. Fu grazie alla tenacia e all'impegno del Commissario Straordinario Renzo Videsott se le sorti del parco si risollevarono e lo stambecco si salvò dall'estinzione: l'area protetta infatti, grazie al decreto De Nicola, venne definitivamente affidata alla gestione di un ente autonomo il 5 agosto 1947.

Gli anni sessanta e settanta furono anni di grandi conflitti e di incomprensioni tra il parco e le popolazioni locali, che si ritenevano eccessivamente vincolate dall'area protetta. Poi, più recentemente, si è iniziato a capire che il parco poteva essere anche un'occasione di rilancio e di sviluppo per l'economia delle vallate e, oggi, enti locali e parco collaborano a stretto contatto per numerosi progetti.

Il Gran Paradiso intanto ha avviato una stretta e proficua collaborazione con il vicino parco francese della Vanoise nel tentativo di costruire una grande area protetta europea.

Il Parco ha avuto, fin dal dopoguerra, particolare attenzione nei confronti della ricerca scientifica. A partire dagli anni cinquanta, compaiono infatti i primi studi pubblicati nella Collana scientifica dell'Ente, per lo più effettuati da ricercatori dell'Ateneo torinese. Sono indagini sulla fauna, sulla fisiologia del letargo della marmotta, sulla storia geologica dello stambecco, sulle abitudini alimentari della volpe e sulla flora presente nell'area protetta. Particolarmente ricche sono le ricerche pubblicate sull'anatomia e sulla patologia dello stambecco e del camoscio, per certo dovute all'influenza dell'allora direttore Renzo Videsott, veterinario e libero docente presso la Facoltà di Medicina Veterinaria di Torino.

In quei tempi il Parco non aveva risorse per finanziare ricerche specifiche, tuttavia investiva nella pubblicazione delle ricerche effettuate in modo da determinare la nascita di una collana scientifica che, oggi, idealmente, prosegue con le pubblicazioni collegate a IBEX-Journal of Mountain Ecology. In anni più recenti il Parco ha potuto investire in modo cospicuo nel finanziamento della ricerca scientifica, nonostante le esigue risorse disponibili, offrendo la possibilità a ricercatori, nazionali e internazionali, di produrre importanti contributi alla conoscenza dell'eco-etologia di molte specie protette (stambecco, camoscio, marmotta, gracchio alpino, piccoli mammiferi, carabidi, ecc.).